?。?）背景介紹
蛋白相互作用一直是研究蛋白功能和機理的重要內容。近年來，蛋白相互作用組學越來越成為研究者們關注的熱點。而親和純化串聯質譜分析（AP-MS）是目前使用最多、最重要的蛋白相互作用研究方法。
傳統的基于蛋白定性鑒定的AP-MS方法難以區分與目的蛋白特異性結合的相互作用蛋白和非特異性結合的背景蛋白。近年來，隨著質譜儀器性能及非標記定量策略的發展，各種非標記定量策略被應用到AP-MS實驗中，開發出了AE-MS及AP-SWATH方法策略，利用親和富集實驗組和對照組間蛋白定量信息的差異，區分相互作用蛋白與非特異性結合蛋白，從而鑒定目的蛋白高可信度的相互作用蛋白。
?。?）實驗流程
?。?）案例分析
a.目的
通過基于非標記定量的蛋白質組學思路，結合針對內源性目的蛋白的免疫沉淀（IP）實驗，比較各組IP實驗中蛋白定量信息的差異，進而鑒定無病毒刺激及SeV或HSV病毒刺激條件下THP-1細胞中天然免疫相關蛋白TBK1、STING和MDA5高可信度的相互作用蛋白。
b.步驟
c.結果
本研究一共檢測了11組不同條件不同目的蛋白的IP樣品，每組3次重復，一共得到2237個蛋白的非標記定量信息。通過比較各組IP樣品中蛋白定量信息的差異，最終鑒定到TBK1的13個相互作用蛋白，STING的31個相互作用蛋白以及MDA5的16個相互作用蛋白。隨后針對這些鑒定到的相互作用蛋白進行了生物信息學分析及后續天然免疫相關的功能驗證。
?。?）參考文獻
(1)Mapping differential interactomes by affinity purification coupled with data-independent mass spectrometry acquisition. Nature Methods 2013.
(2) Accurate Protein Complex Retrieval by Affinity Enrichment Mass Spectrometry （AE-MS） Rather than Affinity Purification Mass Spectrometry （AP-MS）. Molecular & Cellular Proteomics 2015.
(3) Quantitative Proteomics Identified TTC4 as a TBK1 Interactor and a Positive Regulator of SeV-Induced Innate Immunity. Proteomics 2018.