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基于PRM的靶向蛋白質定量分析

蛋白質組學

基于PRM的靶向蛋白質定量分析

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 ?。?)背景介紹
  與常見的大規模的蛋白質組學研究策略不同,靶向蛋白質組學技術是針對選中的目標蛋白或肽段進行監測和定量,被認為是“質譜領域的WB”。三重四級桿(QQQ)類型儀器上實現的SRM技術是質譜領域定量研究的金標準,Nature Methods雜志將其評為“Method of the Year 2012”。
  隨著高分辨質譜在蛋白質組學領域普及,基于高分辨質譜的PRM靶向掃描技術被開發出來。PRM技術不僅可以得到與SRM相當的定量準確度,且掃描方法建立和開發過程比SRM簡便很多。通過PRM可以方便地對目標蛋白或肽段進行相對或絕對定量,而且不依賴抗體。
 
 ?。?)實驗流程
 
 
 ?。?)案例分析
  a.目的
  為了對樣品中FOXN1蛋白進行絕對定量,采用PRM技術,選擇合適的肽段,并結合內標法,繪制濃度-輕重比例的標準曲線,通過測量待測樣品中該肽段的輕重比例,計算其含量。
 
  b.步驟
 
 
  c.結果
  選擇蛋白的合適肽段(IEAIPQIDK),并合成標準肽段(輕、重形式)。建立PRM監測方法,通過標準品建立濃度-輕重比例的標準曲線,測得樣品中目標蛋白的濃度為1.86 fmol/μL。
 
 
 ?。?)參考文獻
  ● Multiplexed, Scheduled, High-Resolution Parallel Reaction Monitoring on a Full Scan QqTOF Instrument with Integrated Data-Dependent and Targeted Mass Spectrometric Workflows. Analytical Chemistry 2015.
 
  ● Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments. Bioinformatics 2010.
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