?。?）背景介紹
經典的定量蛋白質組學分析流程（如上述的iTRAQ，雙甲基化，SILAC等）所采用的質譜掃描模式為DDA（又稱Shotgun，鳥槍法）。SWATH是一種全新的全景式質譜掃描模式，該模式在掃描過程中將樣品中所有的肽段分成若干個窗口，并對每個窗口中的所有肽段進行碎裂，采集二級質譜圖，數據分析時通過靶向提取的分析方式，即可對不同樣品中蛋白進行相對定量分析。SWATH模式克服了DDA模式中掃描隨機性的問題，數據重復性更好。
SWATH尤其適合靶向富集后的樣品，如IP后進行SWATH定量來檢測與目標蛋白互作的蛋白。
?。?）實驗流程
?。?）案例分析
a.目的
通過基于SWATH技術的定量蛋白質組學思路，研究癌癥病人與健康人血樣中N-糖基化蛋白的定量區別。5中不同種類癌癥病人及對應健康人血樣分別進行N-糖基化蛋白的富集，然后進行質譜鳥槍法數據采集、建庫、SWATH數據采集。通過靶向提取的方式在SWATH數據中對庫中鑒定到的蛋白進行相對定量分析，得到各血樣中N-糖基化蛋白的定量信息。
b.步驟
c.結果
本研究一共檢測了284個不同的血液樣本。通過SWATH數據靶向提取，得到272個蛋白的定量信息，其中203個蛋白在至少3/5的樣品中獲得準確的定量信息。隨后分析比較了各類型癌癥病人與其對應健康人血樣中定量明顯差異的糖基化蛋白，并分析了這些差異蛋白用于分辨各類癌癥病人的能力。
?。?）參考文獻
● Targeted Data Extraction of the MS/MS Spectra Generated by Data-independent Acquisition: A New Concept for Consistent and Accurate Proteome Analysis. Molecular & Cellular Proteomics 2012.
● Similarities and Differences of Blood N-glycoproteins in Five Solid Carcinomas at Localized Clinical Stage Analyzed by SWATH-MS. Cell Reports 2018.
● Group-DIA: analyzing multiple data-independent acquisition mass spectrometry data files. Nature Methods 2015.