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蛋白質組學

非標記定量蛋白質組學分析

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 ?。?)背景介紹
  定量蛋白質組學是蛋白質組學最重要的應用之一。定量的策略包括標記定量和非標記定量兩大類。非標記定量對實驗過程的操作和質譜儀的狀態要求較高,但以其操作簡便、試劑價格低廉等優勢,同樣受到很多人的關注。
  非標記定量的算法有兩種,一是基于譜圖計數的方式進行定量,二是根據提取的峰面積進行定量。譜圖計數法算法簡單,定量粗略;峰面積提取法定量較為精準。需對比的樣本分別進行蛋白提取、酶解除鹽等步驟后,分別上機檢測,經過數據庫檢索、定量分析即可得到蛋白在不同樣品中相對豐度的變化情況。
 
 ?。?)實驗流程
 
 
 ?。?)案例分析
  a.目的
  為了對不同類型小鼠肝臟細胞的蛋白質組進行比較分析,采用密度梯度離心分離純化了五種肝細胞,利用高通量的非標定量法對這五種不同類型的肝細胞以及三種肝細胞系進行檢測,得到了針對小鼠肝臟的目前最全面的蛋白質組學定性、定量數據,為肝臟的分子機制和治療研究提供了重要參考和線索。
 
  b.步驟
 
 
  c.結果
  四次生物學重復共定量到11520個蛋白,其中6778個蛋白發生了顯著變化。隨后對組學數據進行了一系列生物信息分析,結果如下:
 
質譜數據總覽
 
重復間相關性
 
蛋白與mRNA定量比較
 
PCA分析
 
 ?。?)參考文獻
  ● Cell-type-resolved quantitative proteomics of murine liver. Cell metabolism 2014.
 
  ● Accurate protein complex retrieval by affinity enrichment mass spectrometry (AE-MS) rather than affinity purification mass spectrometry (AP-MS). Molecular & cellular proteomics 2015.
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